Katedral adalah gereja perdana generasi pertama, didirikan tahun 1808, sedangkan Gereja Bunda Hati Kudus bersama dengan 7 gereja lainnya yakni Kramat, Matraman, Theresia, Kampung Sawah, Mangga Besar, Tangerang, dan Priok, adalah gereja generasi kedua yang tumbuh sebagai pemekaran/pengembangan gereja generasi pertama.

Tahun 1931 dipelopori oleh Pastor Baptis, MSC, para MSC merintis pelayanan paroki di Jakarta. Tahun 1935, Pastor Anton Brocker, MSC membeli rumah di Gang Chaulan No. 21-23, yang kemudian bernama Jalan Kemakmuran dan kini Jalan K.H. Hasyim Ashari. Di rumah inilah didirikan gereja pembantu Paroki Katedral yang dinamakan "Onze Lieve Vrouw van het Heilig Hart" (diterjemahkan menjadi Bunda Hati Kudus).

Dibentuknya Paroki Bunda Hati Kudus sendiri diawali ketika Mgr. Willekens, SJ menyerahkan reksa pastoral satu bagian dari wilayah Gereja Katedral seluas wilayah paroki kita saat ini kepada Tarekat MSC pada tanggal 19 Mei 1938. Pada tahun 1964 dibangun gereja baru terletak di Jalan K.H. Hasyim Ashari No. 28 yang kemudian diresmikan pada tanggal 30 Juli 1967 oleh Mgr. A. Djajasaputra, SJ.